In dit nieuwe platform avontuur moeten Yooka en Laylee hun vaardigheden combineren om een reeks uitdagende en levendige 2.5D niveaus te overwinnen en puzzels op te lossen in een prachtige 3D overwereld. Het is aan hen om in elk niveau de Royal Beettalion Guard van koningin Phoebee te redden, terwijl ze de grootste uitdaging ooit van Capital B moeten overkomen - het Impossible Lair.